Vista以降のＯＳでは、セキュリティが強化されてアプリケーションが
作成できるファイルのフォルダが限定されるようになりました。

Program Filesやデスクトップにはアプリケーションはさいるの書き込みが出来ません。

症状からするとデータファイルは書き込みできているようなので
プロジェクト運用されていないのだと思います。
プロジェクト無しでツールを実行すると、Ｄ２ＣＡＤをインストールしている
フォルダにＣＳＶファイル等を作成しようとして失敗します。

Ｄ２ＣＡＤをインストールする際に、インストール先のフォルダを
初期値のC:\Program Files\D2 CADではなく、
ユーザーがあらかじめ作成したフォルダC:\D2CADなどをを指定して
そこにインストールするようにしてください。

早速のご返事ありがとうございます。
言われたとおりにしましたところ、XPの時と同様生成されました。
重複チェックも大丈夫です。

ありがとうございました！